교과부와 교육과정평가원(원장 김성열)은 이미 <한국 근현대사 교과서>에 대해 '객관적 사실 서술'이었음을 확인한 바 있다. 2004년 교과부(교육부) 국정감사에서는 당시 국회 교육상임위(현 교과위원회) 소속인 한나라당 권철현 의원(현 주일본대사)이 "근현대사를 배우는 고3 학생 절반이 사용하는 금성출판사 교과서는 반미, 친북, 반재벌적 시각으로 일관하고 있다"는 말로 역사교과서 이념공방의 신호탄을 터트렸다.
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그의 발언 이후 교과서 문제가 그해 교육위 국정감사 핵심 쟁점으로 떠올랐고 연이어 열린 서울시교육청 국정감사까지 파행으로 몰아갔다. 당시 교육부는 "이 교과서는 검정심사위원회의 엄격한 심사과정과 학자, 전문가 등으로 구성된 검정위원회의 두 차례에 걸친 심사를 거쳐 객관적 사실을 서술한 것일 뿐 친북 좌파적인 내용이 아님을 교육과정평가원에 확인했다"는 입장을 발표했다.
다음날 금성출판사 한국근현대사교과서 집필진도 기자회견을 열고 "교과서의 전체적 맥락은 무시한 채 자의적으로 일부분만 발췌하는 등 교과서 서술을 멋대로 해석한 뒤 이를 일반적인 역사인식인 양 호도했다"면서 권 의원을 비판했다.
사태를 진화하기 위해 정강정 당시 평가원장까지 나서 "교과서는 교육과정고시와 검정실시를 토대로 만들어졌고 교육과정을 충실히 반영해 문제가 없기 때문에 검정심의위에서 합격시킨 것"이라고 확인하면서 사태는 일단락됐다.
하지만 정권 교체 뒤 다시 불거진 근현대사 논란에 대해 교육부는 말을 아끼는 분위기다. 김동원 교육부 교육과정기획과장은 "문장, 용어, 명칭 등을 손보는 국사편찬위의 교과서 수정작업은 매년 있어왔다"면서 "올해는 국방부 등에서 요청한 자료들도 함께 검토를 요구한 것 뿐"이라고 일축했다.